एक डीएनए अनुक्रम की जीसी-सामग्री का निर्धारण कैसे करें

एक डीएनए अनुक्रम की Guanine-Cytosine सामग्री, या जीसी-सामग्री, न्यूक्लियोटाइड बेस जोड़े का प्रतिशत इंगित करता है जहां Guanine साइटोसिन से बंधे हैं. उच्च जीसी-सामग्री वाले डीएनए को अलग करना मुश्किल होगा.

कदम

2 का विधि 1:
हाथ से
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1. अनुक्रम के माध्यम से ट्रेस करें और साइटोसाइन (सी) या गुआनाइन (जी) न्यूक्लियोटाइड की संख्या को टैली करें.
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    2. अनुक्रम में आधार जोड़े की कुल संख्या द्वारा साइटोसाइन और गुआनाइन न्यूक्लियोटाइड की संख्या को विभाजित करें.
    • 2 का विधि 2:
    प्रोग्रामेटिक रूप से (पाइथन 2)
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    1. इनपुट फ़ाइल बनाएं या स्वीकार करें. यह आलेख मानता है कि इनपुट में है फास्टा प्रारूप, प्रति फ़ाइल एकल अनुक्रम के साथ.
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    2. फ़ाइल में पढ़ें. फास्टा प्रारूप के लिए:
  • फ़ाइल की पहली पंक्ति को त्यागें.
  • सभी शेष न्यूलाइन और अन्य अनुगामी व्हाट्सएप को हटा दें.
    • DEF INIT (अनुक्रम): OPEN (ARGV [1]) के साथ इनपुट के रूप में: अनुक्रम = "".शामिल हों ([लाइन).इनपुट में लाइन के लिए पट्टी ().Readlines () [1:]]) वापसी अनुक्रम
  • छवि 7114843 5 शीर्षक
    3. एक काउंटर बनाएँ. डेटा के माध्यम से पुनरावृत्ति करें और अपने काउंटर को बढ़ाएं क्योंकि आप किसी भी गुआनाइन या साइटोसाइन न्यूक्लियोटाइड का सामना करते हैं.
    • 4
    डीईएफ़ Gccontent (अनुक्रम): gccount = 0 अनुक्रम में पत्र: यदि पत्र == "जी" या अक्षर == "सी": Gccount + = 1return gccount
  • छवि 7114843 6 शीर्षक
    5. अनुक्रम की कुल लंबाई से जीसी गिनती को विभाजित करें, और परिणाम प्रतिशत प्रारूप में आउटपुट करें.
    • 6
    डीईएफ़ मुख्य (): स्क्रिप्ट, इनपुट = तर्क = ""अनुक्रम = init (अनुक्रम) प्रिंट "%.2 एफ" % (फ्लोट (GCContent (अनुक्रम)) / लेन (अनुक्रम))

    टिप्स

    यदि आप हाथ से जीसी-सामग्री की गणना कर रहे हैं, तो डबल चेक करना सुनिश्चित करें! यह गर्भपात करना आसान हो सकता है, खासकर यदि आप कागज पर लंबे अनुक्रम का विश्लेषण कर रहे हैं.
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